Đoàn có chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các bộ, ngành, địa phương trong công tác đàm phán, ký kết, phối hợp phê chuẩn, phê duyệt và tổ chức thực thi các điều ước, thỏa thuận quốc tế về kinh tế và thương mại của Việt Nam trong khuôn khổ đa phương, song phương, khu vực và các cơ chế hợp tác quốc tế khác.

Theo Quyết định, Đoàn đàm phán có nhiệm vụ giúp Thủ tướng Chính phủ xây dựng chủ trương, chiến lược, kế hoạch và phương án đàm phán tổng thể; đề xuất mục tiêu, quan điểm và lộ trình đàm phán phù hợp với lợi ích quốc gia và định hướng phát triển kinh tế – xã hội.

Đoàn chủ trì, phối hợp các bộ, ngành trong việc chuẩn bị, tổ chức và triển khai các hoạt động đàm phán; kiến nghị xử lý khó khăn, vướng mắc phát sinh; tổ chức thực hiện đàm phán và triển khai kết quả sau khi được cấp có thẩm quyền phê duyệt.

Đoàn đàm phán đồng thời chủ trì, phối hợp các bộ, ngành trong việc thực hiện quyền, nghĩa vụ của Việt Nam tại các cơ chế của các điều ước, thỏa thuận quốc tế về kinh tế và thương mại; tham gia đàm phán mở rộng, nâng cấp các hiệp định mà Việt Nam là thành viên như WTO, APEC, ASEM, ASEAN và các FTA song phương, đa phương. Việc tham vấn, lấy ý kiến cộng đồng doanh nghiệp và các đối tượng liên quan được tổ chức trên cơ sở đánh giá tác động, cơ hội, thách thức và rủi ro đối với nền kinh tế.

Bộ trưởng Bộ Công Thương làm Trưởng đoàn đàm phán Chính phủ. Các Phó Trưởng đoàn gồm một Thứ trưởng Bộ Công Thương (Phó Trưởng đoàn Thường trực), một Thứ trưởng Bộ Tài chính và một Thứ trưởng Bộ Ngoại giao. Thành viên Đoàn là lãnh đạo cấp Thứ trưởng của các bộ, ngành liên quan và lãnh đạo cấp vụ, cục của Bộ Công Thương tham gia hỗ trợ công tác thường trực.

Các nhóm đàm phán cấp kỹ thuật được thành lập theo yêu cầu từng hiệp định, thỏa thuận, với sự tham gia của cán bộ chuyên môn các bộ, ngành và có thể huy động chuyên gia tư vấn khi cần thiết. Trong trường hợp đặc biệt, Thủ tướng Chính phủ xem xét quyết định thành lập các đoàn đàm phán riêng để xử lý những vấn đề chiến lược, khẩn cấp liên quan đến lợi ích quốc gia.